Počas praveku bola obklasť súčasného Kitssee a rakúskeho okolia neustále osídlená. Boli to rôzne prvé kultúry, našli sa kúsky keramiky, kúsok ľudskej lebky z bronzovej doby. Celé obdobie po novovek bolo rôzne búrlivé. Pri vpáde Turkov do tejto oblasti sa neubránilo ani Kittsee. Z pôvodných stavieb v celej obci zanikli takmer všetky, avšak zostala veža pôvodného pohanského chrámu, z neho nezbúrali pevnú kamennú vežu, ktorá dnes stojí v diaľke za obcou v smere k Viedni, viditeľná je z diaľnice alebo z cesty na Bruck an der Leita.
Od roku 1670 bola oblasť pod správou kniežaťa Esterházyho. Mohli sa tu usadiť aj Židia. Žilo ich tu niekoľko stoviek, ale prirodzený odliv ľudí z oblasti spôsobil aj zníženie počtu Židov. Medzi tým v podstate celú písomne zachovalú históriu si robili nároky Maďari na územie, ktoré im v žiadnom prípade nepatrilo, keďže na toto územie prišli dávno po predkoch Rakúšanov a po predkoch Slovákov.

Práve Maďari usilovali o územia regiónu Burnegland tak vehementne, že Kittsee naozaj svojho času patrilo pod Uhorsko. Po skončení prvej svetovej vojny a po zdĺhavom vyjednávaní získalo Rakúsko vďaka Trianonskej dohode územie a začlenilo ho v podstate až teraz vzniknutého názvu regiónu Burgenland. Počas druhej svetovej vojny nastal prudký pokles židovského obyvateľstva aj emigráciou. V regióne mnohí väzni zomreli pri stavbe ochranného múru proti postupu sovietskych vojsk.

Do roku 1990 bola obec Kittsee pokojná a tichá. Ležala tesne za železnou oponou, uzavretými hranicami so Slovenskom. Kým miestni videli na Slovensko a Slováci videli do Kittsee, mnohí neverili, že sa raz na toto miesto pozrú a stalo sa tak otvorení hraníc. Kittsee sa postupne stávalo aj miestom na nákupy. Viacerí Bratislavčania a Slováci z okolia sem merali cestu na nákupy a rakúsky schilling bol stále viac a viac známym platidlom aj u nás.